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PlantScreen植物表型成像分析技术助力科研设备以旧换新
时间:2025-06-04    作者:易科泰 点击量:

  随着基因组学研究的发展,与之对应的表型组学研究从21世纪10年代初逐渐成为生物学研究的热点之一。从科学研究角度,表型组学研究能够解释基因组-环境-表型性状的复杂遗传与表达调控关系;从农业生产角度,植物表型组学则可以进一步提高作物产量并助力解决种质资源安全问题。因此,近十余年间,表型组学尤其是植物表型组学的研究得到了飞速的发展

左图:基因组与环境的相互作用造就表型组(Walter,2015);右图:植物表型组学研究相关文献发表量逐年攀升(Tao,2022)

  PCR技术和基因测序技术推动了基因组学研究的发展,甚至可以说构成了基因组学研究基础的一部分。与之类似,植物表型组学研究也需要相应的植物表型研究技术来助力。与之相关的研究工作需要对两方面的技术支持:

  首先,对复杂的植物生长环境的监测与控制,用以模拟各种不同的环境条件来研究植物的反应。这方面需要的植物生长气候室、智能温室等技术已经较为成熟。

  之后就要对大量植株的各种特征和性状即表型组进行鉴别与分析。尤其需要实现对植物的无损、连续测量,以跟踪植物的整个生活史,同时,获取的表型数据要能够反映植物深层次的生理过程。要实现这一点,目前最优的技术方案就是植物表型成像分析技术。

左图:2013年与澳大利亚国立大学合作研发的基于PlantScreen植物表型成像技术的科研用表型设施(Brown,2014);右图:2013与年杜邦先锋合作建设PlantScreen表型成像分析系统用于玉米育种

 

  PlantScreen植物表型成像分析技术在国际基因组学与遗传育种研究机构、育种公司的得到广泛应用,发表了大量学术论文和科研成果。国际上一些早期装备了其它植物表型系统的科研单位,后来又采用PlantScreen技术升级原有系统或者直接购买最新型的PlantScreen系统,如德国莱布尼茨植物遗传和作物研究所(Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research,IPK)在早年间安装有三套来自于其他品牌型号的植物表型平台,但这些平台都不能进行调制式叶绿素荧光成像,其厂家也不具备进行升级的技术能力。2016-2017年间IPK为这三套系统升级了PlantScreen专用的FluorCam调制式叶绿素荧光成像单元以及配套的光适应室,而且叶绿素荧光成像单元可以与原有系统良好兼容,完成高通量光合表型测量。这一更新升级使其原来的表型系统补齐短板,焕发新生。这3套升级系统一直运行至今,利用升级后的FluorCam叶绿素荧光成像单元已发表不少于10篇SCI论文。

左图:IPK原有表型系统升级的光适应室与FluorCam调制式叶绿素荧光成像单元;右图:升级完成后使用拟南芥、烟草和玉米进行叶绿素荧光成像测试

左图:IPK利用这套升级系统发表的部分文献数据与成像图;右图:IPK后续建设的大型PlantScreen植物表型成像平台

IPK发表的部分引用文献:

  1. Tschiersch H, Junker A, Meyer R C, et al. Establishment of integrated protocols for automated high throughput kinetic chlorophyll fluorescence analyses[J]. Plant Methods, 2017, 13: 1-16.
  2. Li M, Hensel G, Melzer M, et al. Mutation of the ALBOSTRIANS ohnologous gene HvCMF3 impairs chloroplast development and thylakoid architecture in barley[J]. Frontiers in plant science, 2021, 12: 732608.
  3. Lauterberg M, Tschiersch H, Papa R, et al. Engaging precision phenotyping to scrutinize vegetative drought tolerance and recovery in chickpea plant genetic resources[J]. Plants, 2023, 12(15): 2866.
  4. Lauterberg M, Tschiersch H, Zhao Y, et al. Implementation of theoretical non-photochemical quenching (NPQ (T)) to investigate NPQ of chickpea under drought stress with High-throughput Phenotyping[J]. Scientific Reports, 2024, 14(1): 13970.

 

  2024年初,国务院印发《推动大规模设备更新和消费品以旧换新行动方案》。其中明确提出“提升教育文旅医疗设备水平。推动符合条件的高校、职业院校(含技工院校)更新置换先进教学及科研技术设备,提升教学科研水平”。2025年1月,国家发展改革委、财政部再次发布《关于2025年加力扩围实施大规模设备更新和消费品以旧换新政策的通知》,将支持范围进一步扩展至电子信息、安全生产、设施农业等领域,重点支持高端化、智能化、绿色化设备应用。

  在植物表型组学科研领域,这也意味着国内科研单位可以通过国家以旧换新政策支持,像IPK这样升级更新自己原有的表型平台,进一步增强基因组-表型组相关研究能力,着力解决种质资源“卡脖子”问题。

  经过十多年不懈的改进与研发,PlantScreen植物表型成像技术已经得到了植物表型组学研究者的广泛认可,全球安装量超过60套,其核心的各种表型成像传感器更是代表了目前植物表型成像技术的最高水平,具体请见下表:

成像传感器

表型与生理过程

优势特定

常用参数指标

FluorCam叶绿素荧光成像传感器

叶绿素荧光成像测量用于分析光合能力、光合电子传递链功能、光合作用机理、光保护能力等;同时由于光系统对胁迫有极强的敏感性,尤其广泛用于各种生物/非生物胁迫鉴定、评估与抗性检测

PAM脉冲调制式叶绿素荧光成像技术的发明者,文献众多,配备2种以上不同波段的激发光源以满足各种植物类型的测量需要,具备各种荧光自动测量程序,同时可定制特殊测量程序。

最大光化学效率Fv/Fm、实际光化学效率QY、非光化学淬灭系数NPQ、光化学淬灭系数qP、荧光衰减率“活力指数”Rfd等。

多光谱荧光成像传感器

无损成像检测植物黄酮、多酚类次生代谢物荧光,评估病害及干旱、高温等非生物胁迫的发生程度与植物防御机制的激活。还可对GFP/YFP/RFP等荧光蛋白进行活体成像与相对定量分析。

目前唯一实现次生代谢物与荧光蛋白活体成像的植物表型成像系统,并在国际国内都得到了大量应用。

次生代谢物荧光F440、F520;叶绿素荧光F690、F740;GFP/YFP/RFP等荧光蛋白相对荧光强度Ft。

RGB成像传感器

利用RGB三个波段成像对植物形态进行成像测量。

配备与植物冠层等面积的LED照明光源,消除阴影造成的测量误差;同时配备360°样品旋转平台,可采集植物不同角度的形态信息。

株高、株宽、叶面积、周长、生物量、生长动态、色彩变化等形态数据。

VNIR/SWIR高光谱(反射光谱)成像传感器

成像测量高光谱数据立方体(一维光谱曲线×二维平面成像图),计算定量反映植物活力、色素组成、光合作用、生化组成、氮素营养、水分含量等生理表型过程,对的影响进行间接测量。

光谱分辨率最高达0.8nm,远高于一般植物表型成像高光谱传感器的2-5nm,可获得更精确的光谱数据。

归一化植被指数NDVI、光化学反射指数PRI、归一化叶绿素指数NPCI、花青素反射指数ARI、胡萝卜素反射指数CRI、水指数WI等。

红外热成像传感器

获得植物表面温度分布图及温度数据通过叶片温度反映由于病害、高温、干旱导致的叶片气孔导度与蒸腾减少、代谢紊乱等。

图像分辨率达1024×768像素,灵敏度20mK(0.02℃),配备冷白LED光源板(模拟日照)和温控背景板,从而获得接近真实状态且清晰的植物温度热成像图。

植物每一点的实际温度、植物表面温度分布图、平均温度、温度范围、水胁迫指数等。

3D激光雷达传感器

利用激光雷达扫描获得植物的3D点云结构模型,从而研究更精细的植物结构

可将红外热成像等成像数据投射到3D模型上进行分析

点云图及3D模型重建,计算叶面积、植物面积、生物量、投射面积、叶倾角、紧实度、高度、叶片数量、节高等形态参数

  基于这些成像传感器技术,PlantScreen设计了多种运行平台方案,以满足不同用户的实际需求。下面我们结合实际安装案例与研究成果来一一介绍。您可以从中挑选适合的以旧换新方案。

一、PlantScreen传送带版高通量植物表型成像分析系统

  PlantScreen传送带版高通量植物表型成像分析系统是目前功能最全面、安装数量最多的PlantScreen型号。这一系统基于Plant-to-Sensor(PTS)运行模式,一般安装与温室或人工气候室中,分为植物培养区和成像区两个部分。植物样品放置于贴有二维码的样品盆中,通过传送系统自动在两个区域间运转。通过预设程序,实现自动化的培养与表型成像测量,结合自动称重浇灌单元,理想情况下可以实现植物全生活史的无人值守自动培养与测量。这一系统既可用于测量拟南芥、烟草等模式植物,也可用于测量玉米、水稻等作物,番茄、生菜、西瓜等水果蔬菜,乃至松树、椰子等苗木。

荷兰瓦格宁根大学-荷兰植物生态表型中心(NPEC)装备的PlantScreen传送带版高通量植物表型成像分析系统,左图为培养区,右图为成像区

  正式测量前,样品先经过专门的适应室进行预适应处理,以消除不同培养位置细微差异可能造成的测量误差。成像区则根据传感器类型分为多个专用成像室。成像室的设计可以使样品可顺序进行测量,测量速度快;尽量消除环境干扰,数据精确度高;可同时进行顶端和侧面成像。样品在各成像室之间转移与测量也都由系统自动完成。

芬兰赫尔辛基大学装备的PlantScreen传送带版高通量植物表型成像分析系统,样品从培养区经过适应室进入成像室

左图:赫尔辛基大学研究小孔异担子菌基因编码的小分泌蛋白质(SSP)对本氏烟的表型影响,表型数据包括RGB与叶绿素荧光成像;右图:欧洲PSI公司与荷兰乌特勒支大学、瓦赫宁根大学共同研究干旱、高温、积水等多种胁迫对马铃薯表型组的影响,研究结果综合了顶端和侧面RGB形态成像、叶绿素荧光成像、红外热成像、VNIR/SWIR高光谱成像。这一研究由欧盟地平线2020 ADAPT马铃薯育种项目资助

引用文献:

  1. Wen Z, et al. 2019. Chlorophyll fluorescence imaging for monitoring effects of Heterobasidion parviporum small secreted protein induced cell death and in planta defense gene expression. Fungal Genetics and Biology 126: 37-49
  2. Abdelhakim L O A, Pleskačová B, Rodriguez-Granados N Y, et al. High Throughput Image-Based Phenotyping for Determining Morphological and Physiological Responses to Single and Combined Stresses in Potato. J. Vis. Exp, 2024, 208: e66255.

 

二、PlantScreen SC(Self-Containing) 植物表型成像分析系统

  PlantScreen SC植物表型成像分析系统为应荷兰瓦格宁根大学NPEC需求专门开发的。这一系统相当于将PlantScreen传送带版高通量系统的成像区独立出来并改进成一套能自行工作的系统。该系统对安装环境要求大大降低,可在温室、步入式植物培养箱、甚至一般实验室中使用,同时配备万向轮,可以在各个使用场景间移动。用户仅需将样品托盘放置在系统的样品加载位,系统即可自动完成包括RGB、叶绿素荧光、红外热成像等所有表型数据的成像测量。日常使用与维护工作都更加简便。

NPEC、爱尔兰国立都柏林大学、英国詹姆斯赫顿研究所等装备的PlantScreen SC系统

左图:荷兰瓦格宁根大学使用PlantScreen SC研究细胞器变异与光合系统性能表型变异的关系,左上图为专用样品托盘中待测的拟南芥样品和研究中使用的叶绿素荧光动力学测量程序,左下图为4项叶绿素荧光参数与基因位的质型关联研究(PAS),这一研究发表于2024年《PNAS》;右图:爱尔兰都柏林大学使用PlantScreen SC研究不同品种大麦对积水的响应与恢复,表型数据包括叶绿素荧光、顶端和侧面的植物形态、颜色构成与变化等

引用文献:

  1. Theeuwen T P J M, Wijfjes R Y, Dorussen D, et al. Species-wide inventory of Arabidopsis thaliana organellar variation reveals ample phenotypic variation for photosynthetic performance. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2024, 121(49): e2414024121.
  2. Langan P, Cavel E, Henchy J, et al. Evaluating waterlogging stress response and recovery in barley (Hordeum vulgare L.): an image-based phenotyping approach. Plant Methods, 2024, 20(1): 146.

 

三、PlantScreen XYZ三维移动式植物表型成像分析系统

  PlantScreen XYZ三维移动式植物表型成像分析系统基于Sensor-to-Plant运行模式设计,无需样品传送带,也不设置成像室。所有成像传感器均安装与一个扫描成像平台上。这个扫描成像平台通过机械装置可以在XYZ三个方向自由移动,根据下方样品的位置、高度自动调整并测量。这一系统的优点在于样品可以种植在样品盆中,也可直接种在土壤中,还可以进行水培。系统的大小可灵活定制,既可安装在大型温室中,也可以用于小型培养室或步入式培养箱。

  NPEC在2022-2023年间陆续安装了3套PlantScreen XYZ系统,左图可见扫描平台上安装的RGB、叶绿素荧光、高光谱、红外热成像等各种成像传感器。这三套系统同时配套了大型步入式动态光照水培植物生长室,实现动态光照培养、营养液调控与表型测量的有机结合。

左图:美国农业部从2019年开始,利用一套PlantScreen XZ系统对莴苣等蔬菜进行叶绿素荧光及高光谱表型测量,用以研究莴苣对不同胁迫的响应机制,目前已发布至少5篇相关研究论文;右图:捷克帕拉茨基大学通过PlantScreen XYZ系统研究多种生物刺激素对盐胁迫下拟南芥萌发和生长的影响,结合RGB与高光谱成像数据证明生物刺激素确实能够减轻胁迫并促进植物生长

引用文献:

  1. Kumar P, et al. 2021. Molecular Mapping of Water-Stress Responsive Genomic Loci in Lettuce (Lactuca spp.) Using Kinetics Chlorophyll Fluorescence, Hyperspectral Imaging and Machine Learning. Front. Genet. 12:634554
  2. Simko I, Zhao R. Phenotypic characterization, plant growth and development, genome methylation, and mineral elements composition of neotetraploid lettuce (Lactuca sativa L.). Frontiers in Plant Science, 2023, 14: 1296660.
  3. Adhikari N. D, Simko I, Mou B. 2019. Phenomic and Physiological Analysis of Salinity Effects on Lettuce. Sensors 19, 4814.
  4. Ugena L, et al. 2018. Characterization of Biostimulant Mode of Action Using Novel Multi-Trait High-Throughput Screening of Arabidopsis Germination and Rosette Growth. Front. Plant Sci. 9:1327

四、PlantScreen紧凑式植物表型成像分析系统

  PlantScreen紧凑式植物表型成像分析系统将表型成像测量、LED光照培养和自动称重浇灌等功能融为一体,实现对拟南芥、小株烟草、作物/蔬菜幼苗的自动培养与连续表型测量。成像室与培养室由自动控制的气动门隔开,多个样品托盘根据设定程序,由传送带从培养室依次进入成像室测量,测量完毕后再回到培养室原位置。这一系统占地面积较小,对安装条件要求不高,可安装在一般实验室或培养室中。

中科院植物研究所、西北农林科技大学,赫尔辛基大学等均装备了PlantScreen紧凑式植物表型成像分析系统。左图为培养室,右图为成像室

苏黎世联邦理工学院使用PlantScreen紧凑式系统对拟南芥气孔保卫细胞糖转运蛋白突变体进行了表型组测量。结果表明,糖转运蛋白突变造成的气孔功能缺陷进一步严重影响到了植物表型。首先是气孔导度下降造成了气孔导度下降、叶温升高;叶绿素含量及绿度色彩丰富度没有显著变化,但实际光合能力显著降低;最终造成突变体叶面积、生物量、生长速率等形态指标严重降低。

引用文献:

  1. Flütsch S, et al. 2020. Glucose uptake to guard cells via STP transporters provides carbon sources for stomatal opening and plant growth. EMBO Reports 21:e49719

 

五、PlantScreen植物根系表型成像分析系统

  为解决地下根系表型测量,PlantScreen在高通量传送带式系统基础上设计了专门的根系表型成像分析系统。这一系统配备专用的根盒,通过透明根窗来对根系形态与生长动态进行测量。在不需要测量的时候,通过挡板遮盖住根窗,防止外界光线对根系生长造成影响。根盒配备3层定位(顶部、中部、底部)根系浇灌单元,实现对根系的均匀浇灌。系统可同时对地上部植株进行RGB、叶绿素荧光等表型成像测量分析,实现植物地上地下的全方位表型测量。

法国亚眠大学、匈牙利科学院生物科学研究中心等装备的PlantScreen植物根系表型成像分析系统

捷克马萨里克大学利用PlantScreen根系系统研究高温环境下拟南芥生长发育与phyB-PIF4通路的相关性,左图:根系表型成像及生长动态数据;中图:地上部发育过程的RGB形态成像;右图:高光谱动态数据(包括归一化植被指数NDVI、光化学指数PRI等)和叶绿素荧光动态数据(包括最大光化学效率QYmax,即为Fv/Fm;实际量子产额QY_Lss,即为ΦPSII等)

引用文献:

  1. Ebrahimi Naghani S, Šmeringai J, Pleskačová B, et al. Integrative phenotyping analyses reveal the relevance of the phyB-PIF4 pathway in Arabidopsis thaliana reproductive organs at high ambient temperature. BMC Plant Biology, 2024, 24(1): 721.

六、PlantScreen野外移动式表型成像分析系统

  为了对野外植物与大田作物进行原位表型测量,PlantScreen将XYZ系统的表型扫描平台安装在各种野外机动平台,包括手动平台、电动助力平台、拖拉机平台以及自动扫描平台。扫描平台高度可根据植物高度进行调整,从而适用于各种不同的植物样品。这一系统也可以部署到温室甚至实验室中进行相关表型测量。

北京农林科学院、芬兰自然资源研究所、PSI表型研究中心等装备的各种类型的PlantScreen野外移动式表型成像分析系统

波兰Strzelce植物育种公司与波兰植物育种和驯化研究所合作,使用一台安装与拖拉机平台的PlantScreen野外系统对黑小麦冠层密度进行测量,左图:PlantScreen拖拉机野外系统及实验样地规划;中图:黑小麦冠层成像图;右图:黑小麦冠层密度与种植技术和品种的相关性

引用文献:

  1. Stefański P, Rybka K, Matysik P. Phenotyping of winter triticale canopy density in field conditions using an RGB camera[J]. Biuletyn Instytutu Hodowli I Aklimatyzacji Roślin, 2024

七、PlantScreen全自动高通量琼脂培养植物表型成像分析系统

  PlantScreen全自动高通量琼脂培养植物表型成像分析系统是一套专门为琼脂平板培养植物进行自动接种、培养与表型成像分析的系统。该系统为全自动机器人操作,包括倾倒琼脂、播种、层积催芽、接种、成像分析全自动运行。可容纳2160个特制培养皿的全自动全流程高通量表型分析。系统由具备GMO(转基因生物)控制区的环控室(可选配)、操作台、培养柜(包括层积催芽柜)、机器人及成像工作站等组成,可进行根系形态成像分析、GFP等荧光蛋白成像分析、叶绿素荧光成像分析、多光谱成像分析、高光谱成像(透射光)分析及香豆素荧光高光谱成像分析等。

荷兰植物生态表型中心NPEC已经装备了至少6套PlantScreen植物表型成像系统,应用于拟南芥、烟草、番茄、藜麦等植物的表型研究。PlantScreen全自动高通量琼脂培养植物表型成像分析平台是根据其研究需要进行的专门设计与合作开发,于2023年刚刚建设完成。

 

八、PlantScreen藻类表型成像分析系统

  由于藻类样品的特殊性,对藻类进行表型成像分析需要进行专门的设计。PlantScreen藻类表型成像分析系统专门用来对多孔板中的藻类样品进行表型测量。系统包括藻类自动培养、样品加注、叶绿素荧光成像与高光谱成像等功能。样品多孔板的转运都通过机器人完成,从而实现无人值守的高通量藻类表型自动测量。

澳大利亚悉尼科技大学装备的PlantScreen藻类表型成像分析系统

 

  易科泰生态技术公司致力于“生态、农业、健康”科学研究与监测/检测技术方案推广、研发与应用服务,为国内高校科研与生产应用提供各种定制化的叶绿素荧光与植物表型成像技术方案,助力本次设备更新与升级,已协助数十家科研单位完成了叶绿素荧光成像、种质资源检测、植物表型成像分析、光合仪等科研设备的以旧换新项目。

非成像设备升级为成像设备               单一功能设备升级为多功能设备

单纯测量设备升级为培养测量一体设备          半自动测量设备升级为高通量全自动设备

  作为PlantScreen植物表型成像技术的中国唯一技术推广与服务中心,仅2023年初至2025年初两年间,易科泰已为国内科研单位安装了8套各种型号的PlantScreen植物表型成像系统。这些系统已经助力相关单位取得了初步的科研成果。

近两年易科泰为国内科研单位安装了多套PlantScreen植物表型成像系统

  上面我们介绍了目前PlantScreen系统的各种型号功能、部分安装案例与科研成果。由于篇幅所限,内容都较为简单。欢迎各位老师与易科泰联系咨询,索取详细介绍、用户目录、科研文献等。

  同时,易科泰还可以提供各种具备自主知识产品的国产化植物表型成像平台与技术方案。使用的表型传感器技术可比肩PlantScreen,成像平台则更加灵活多样,可为用户量身打造,实现科研技术水平、费用和安装场地空间的最优化。

  • PhenoTron®系列植物表型成像分析平台,自动传送版、XYZ三维自动扫描成像版,或其它客户定制系统
  • FluorTron®多功能高光谱成像分析系统、FluorTron®光合表型成像分析系统
  • PhenoTron®一体式智能LED培养与表型在线检测复式平台,适于组织培养、种子萌发及种苗表型分析、光生物学研究,为植物提供最佳光配方
  • PhenoTron-SR,From shoots to roots,植物根系与种苗(土壤以上部分)高通量表型成像分析
  • PhenoPlot®作物表型成像分析平台,基于易科泰近地遥感技术,轻便型或大型悬浮双轨平台,适于大田或温室作物原位表型成像分析
  • RhizoTron®植物根系多功能高光谱成像分析系统
  • 大田机器人表型成像分析系统
  • Thermo-RGB红外热成像与可见光数据融合技术方案

 

心动不如行动,欢迎各位老师与易科泰联系咨询!

 

 

 

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